1、科属不同
金线莲，又名金线兰，为兰科开唇兰属植物。
石斛，又名林兰、禁生、杜兰、金钗花等，为天门冬目兰科石斛属植物。
2、形态特征不同
金线莲，呈皱缩卷曲，不规则状的干燥全草，根茎圆柱形，多弯曲，表面棕褐色，茎节明显，有金黄色网状脉，多卷缩而完整，展开为宽卵形，表面黑棕色、下面暗红色，部分叶脉紫红色，叶柄基部鞘状抱茎，偶见总状花序顶生，花暗棕色，少见蒴果矩圆形，香气特异，味淡。其雄株于雌株略有差别，主要在于雌株的叶脉更为深，而雄株几乎见不到叶脉。
石斛茎有点，像是一根棍子，属于假球茎。茎具有根茎、直立、匍伏或具假球茎等生育形式。叶片从一片到多片皆有。花亮丽，花瓣通常较窄，唇瓣完整或三裂，与蕊柱基部相连。
