有些胚胎在孵育期间会死于感染，在这个生长时期，它们是最脆弱的。当然，也有一些感染是来自感染卵巢的母鸟。这些病菌在蛋的形成的时间跟蛋结合，随后随着胚胎的发育感染并杀死胚胎。感染也可以穿过输卵管壁进入蛋，然而这种类型的感染是在产蛋前进入
大多数感染是在孵化过程中出现的，通常是因为鸟窝里比较脏、通风不良、过于潮湿导致蛋外壳污染和感染因子运动进入卵子。卵子的质量也很重要，破裂的、薄的、畸形的或粗糙的蛋更容易被病菌侵入，而且更容易受到创伤。差的蛋可能是由于输卵管疾病，但更主要的原因是与营养缺乏症相关联，特别是钙。
