堆肥可以作为在工艺中作为动词使用，也可以在产品中以名词出现。目前堆肥还没有一个被广泛认同的定义。堆肥可作为一种有机肥料或土壤改良剂产品。其中好氧发酵指在有氧气情况下有机物料的分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热而厌氧发酵则是在无氧气条件下有机物料的分解，厌氧分解最后的代谢产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。
厌氧发酵有机肥与好氧发酵有机肥相比较，单位重量的有机质降解产生的能量较少，而且厌氧发酵有机肥通常容易发出臭味。
传统农家肥以厌氧发酵为主，而现代有机肥堆肥系统则大都采用好氧发酵。
