两种办法1、人工清理水垢。把真空管卸下来，用水冲洗。2、用除垢剂清洗。按容量加入50％的除垢剂，1小时放出。水冲净即可用醋和漂白粉（水）都可以。
一般情况下，能用物理刮除方法祛除的地方应首选物理刮除法。但是，在太阳能系统内部各设备及管道之间附着的水垢，物理方法无法清除，必须采用化学清洗方法祛除。在太阳能系统设备内部沉结的水垢，质地比较疏松，用化学清洗的方法比较容易清除。
首先放掉热水器内的水。把所有真空管拆下来，用细长的木棍裹上柔软的布头，插入真空管内来回抽擦，然后灌水冲洗，来回两三次即可。
然后向水箱里注水，一边用软刷子刷洗水箱内部，使水箱底部沉淀的水垢从洞口流出。最后按顺序把真空管装回，上水检查有无漏水。
