目前，数论的实际意义主要体现在密码学方面。比如，军用通信密钥，卫星通信密钥，数字签名，移动通信密钥，服务器加密密钥，都要用到数论知识。
比如在计算方法、代数编码、组合论等方面都广泛使用了初等数论范围内的许多研究成果又文献报道，有些国家应用“孙子定理”来进行测距，用原根和指数来计算离散傅立叶变换等。
此外，数论的许多比较深刻的研究成果也在近似分析、差集合、快速变换等方面得到了应用。特别是由于计算机的发展，用离散量的计算去逼近连续量而达到所要求的精度已成为可能。
数论所体现出的是整个数学体系的基本原理，尽管有诸如密码学或是各类计算机领域的直接应用，但其更本质的意义在于规定并严格数学体系中的公理。详见各类数论教材，往往初等数论知识都是和解不定方程和各种中等代数题直接联系在一起进行教授的。
