区别是所属的朝代不同，陵墓里的主人也不同。
清十三陵，陵墓的主人是清朝各代的皇帝，而明十三陵埋葬的是明朝各代的皇帝。
清东、西二陵在规制上基本沿袭明代，所不同的是陵冢上增设了月牙城。另外，明十三陵中，只有长陵有“圣德神功碑”，而清东、西二陵中则有数通。陵园的布局与明代相比也发展到更成熟的阶段。按照从南到北的顺序，都由石像生、大碑楼、大小石桥、龙凤门、小碑亭、神厨库、东西朝房、隆恩门、东西配殿、隆恩殿、琉璃门等大小建筑组成。每座帝陵附近一般都附有皇后和嫔妃的园寝。
1、清陵有皇后陵，明陵没有。
2、清陵，每帝的的妃嫔都葬在帝陵旁，或葬在妃园寝或葬在皇后陵内。而明陵则不然。
3、宫门前明陵建三路一孔拱桥，而清帝陵建三路三孔拱桥。
4、明十三陵只首陵建带华表的神功圣德碑亭，其他陵所谓的功德碑不仅无华表。
