1、科属不同：黄姑鱼和黄花鱼都是硬骨鱼纲鲈形目石首鱼科中的鱼，不过二者的属是不同的。具体来看，黄姑鱼是黄姑鱼属之中的鱼，但黄花鱼则是黄鱼属之中的鱼。可见，二者虽然关系比较近，但并非同一类鱼，不能混淆。
2、体型不同：黄姑鱼和黄花鱼的体型也是不同的。黄姑鱼的体型小一些，成年之后的身体长度一般会在20-25厘米之间。黄花鱼的体型则稍微大一些，体长在30厘米左右。
3、颜色不同：从外观特征来看，二者的身体颜色也是有差异的。黄姑鱼的颜色是灰橙色的，身体的侧面还有一些灰黑色的条纹，腹部是银白色的黄花鱼的颜色则是背部灰黄色，下侧金黄色。
4、体形不同：二者的身体形状也有差异。黄花鱼的形状比较方，也比较扁黄姑鱼的形状则是长椭圆形的。
