检察院立案侦查的案件的程序为：接受案件，进行审查，再由本侦查部门进行初查，如果不属于检察院侦查范围的，移送到有关机关。如果有犯罪事实，需要制作《立案报告书》。再进行详细侦查，可以采取拘留、取保候审、逮捕等强制措施，最后查明犯罪事实的，侦查终结，移送审查起诉部门。
法律依据：《刑事诉讼法》第十九条刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
被害人及其法定代理人、近亲属，认为公安机关对其控告的案件应当立案侦查而不立案侦查，或者当事人认为公安机关不应当立案而立案的，可以提供公安机关作出相应决定的法律文书及申诉材料、相关证据、身份证明等到检察机关申诉，请求检察机关进行立案监督。
检察机关接收当事人的申请材料后，会及时审查材料，作出相应处理：
一、没有犯罪事实发生，或者犯罪情节显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，及时答复当事人
二、不属于被投诉的公安机关管辖的，应当将有管辖权的机关告知投诉人或者行政执法机关，并建议向该机关控告或者移送
三、公安机关还未作出不予立案决定的，移送公安机关处理
四、有犯罪事实需要追究刑事责任，属于被投诉的公安机关管辖，且公安机关已经作出不予立案决定的，应当要求公安机关书面说明不立案理由。
公安机关说明不立案或者立案的理由后，检察机关侦查监督部门应当进行审查，认为公安机关不立案或者立案理由不能成立的，经检察长或者检察委员会讨论决定，应当通知公安机关立案或者撤销案件。
