零余额账户的概念来看，它是办理预算资金支付清算的账户。而就零余额账户的运作过程来看，它是一个过渡性账户。
当符合预算规定的商品或劳务政府购买活动已经发生或完成，财政部门或其授权的预算单位向零余额账户发出支付指令，零余额账户在向商品或劳务供应商支付后，于日终前向国库单一账户申请清算，由国库单一账户将资金支付到零余额账户。可见，零余额账户的实质是过渡性支付清算账户。
零余额账户的意思是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。零余额账户是实现对预算资金最终付款控制的必要的技术手段。
