一次运输49条香烟不违法。个人跨区域携带香烟最高不得超过1万只，即不得超过50条香烟，超过数量是违法的。无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的百分之七十收购违法运输的烟叶，按照市场批发价格的百分之七十收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品。
不违法
因为《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》规定：个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（50条）。个人在最高限量以内携带卷烟，不需办理携带证明。
运输49条香烟不违法，按照《烟草专卖法》规定，在没有烟草专卖部门签发的烟草专卖品准运证的情况下，每人每次异地携带卷烟数量不得超过10000支，也就是50条。超过50条也就是非法运输了，一旦被查获，那么罚款就不是一笔小数目了。
