李贽死后当世的许多人对他评价极高，说他海内少有，赞他才高气豪，甚至有人尊他为圣人。不过之后尤其是到了明末和清朝，贬低他的人多了起来，说他是非颠倒、妖言惑众，也有人骂他不是好狗。
不过等到了近现代，人们对李贽的评价又大多变成了赞扬，他的地位也得到了肯定。现在一般认为李贽是一位出色的思想家，不论是批判封建礼教、儒家理学，还是主张个性和自由，这些思想在当下看来都是进步的，是先于明朝那个时代的，甚至有些符合当时资本主义萌芽的需要。因此《万历十五年》里评价他个人智慧受到了时代和社会压抑。不过近现代对他的理解和赞扬也有错误的时候，比如在文革时认为他是法家，把他当做是反儒的英雄。
不论是对李贽的赞颂还是诋毁，它们主要针对的是他的思想主张和个人性格两方面。就思想而言，李贽身处的明朝压抑僵化死气沉沉，他的主张不管正确与否，因为不符合传统在当时也都只能成为异端邪说。而李贽的性格，在认同的人眼中是率性和真诚，在反对的人口中就是狂妄和自大，可参考他自己在《自赞》一文中所写。
