一、依据不同：工程竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行工程造价审核主要是根据国家有关法规和政策，依据国家建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程造价的确认和控制进行有效的监督检查。
二、标的不同：工程竣工结算审计以基建项目为标工程造价审核以单位工种为标。
三、从业人员不同：工程竣工结算审计以会计师、审计师为主工程造价审核以工程经济和工程技术人员为主。目前国家正在实行注册造价工程师制度，今后的工程造价审核，将以造价工程师为主。
四、法律效力不同：工程竣工结算审计机关和被审计单位是一种审计行政法律关系，审计机关的审计监督只对被审计单位产生法律效力，对其它单位不产生连带法律约束力而工程造价审核中的工程结算审核，以施工承包合同为基础．以承发包双方发生的实物交易为依据，按照国家或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。
五、目的不同：工程竣工结算审计的目的是加强对公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于小金库，造成建设资金流失，实施违法违规行为。其职能是一种监督行为工程造价审核的目的是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程造价的确定与控制，从而达到提高投资效益的经济效益目的的行为，是确定造价的实施过程和行为。
