孔雀鱼的性染色体虽然存在遗传基因，但是最根本的功能还是决定孔雀鱼的性别。母鱼所持有的性染色体是“XX”，而公鱼的性染色体为“XY”。在繁殖的时候，雄鱼的精子进入雌鱼体内完成孔雀鱼的受精过程。那么，根据孟德尔的根据遗传的独立法则，这就是染色体一次重组的过程。重组之后，子代的孔雀鱼的性别就固定了。
那么，雌性孔雀鱼所携带的是“XX”染色体，而雄性孔雀鱼所携带的是“XY”染色体，染色体在分裂之后再进行重新组合，由于组合的对象是固定的（只有两种），所以，得到的子代的性别也是固定的，只有雌性和雄性，不可能出现第三种。
