控制蓝藻的重点还应放在预防上，用微生物制剂抑制蓝藻的繁殖，EM菌含有多种有益微生物，可以有效控制蓝藻。
1、换水 对于水面较小、水源稳定塘口，定期换水是一种行之有效的处理方法，在经济上可行，操作管理也方便。
2、投加化学药剂 当已经发生富营养化蓝藻暴发引起水体变臭时，可以采用局部用药的方法直接向蓝藻投加化学药剂，从而杀死藻类，一般沿池边泼洒含氯杀藻剂(如三氯异氰脲酸)，或硫酸铜、络合铜等重金属盐，此法有一定效果。
3、控制水体富营养化 采用生物及化学方法，有效降低水体富营养化程度，以达到间接抑制蓝藻的繁殖，通常每10天左右，全池泼洒1次枯草芽孢杆菌及腐植酸钠，同时杜绝生活污水进入池塘，以消除有机磷对水体的影响。蓝藻
4、生物生态修复法 生态法就是以生态学原理为指导，将生态系统结构与功能应用于水质净化。
5、泼洒蓝藻“分解精”。
