真核细胞微生物主要包括酵母菌，所谓的细胞分为真核细胞与原核细胞，真核细胞与原核细胞的主要区别就是有无核膜包被的细胞核，真核细胞是有核膜包被的细胞核，而原核细胞咋没有核膜包被的细胞核，另外，原核细胞只有一种细胞器叫做核糖体，而真核细胞咋有多种细胞器。
真核细胞型微生物就是指具有真正细胞核（即核质和细胞质之间存在明显核膜）的细胞型微生物。这类微生物包括：真菌（霉菌、酵母菌、大型蕈类）、真核藻类和原生动物凡是细胞核具有核膜、能进行有丝分裂、细胞质中存有线粒体或同时存在叶绿体等细胞器的微小生物，就称真核微生物。
微生物包括：病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界。
病毒没有细胞结构
原核生物包括一藻（蓝藻）、二菌（细菌、放线菌）、三体（衣原体、支原体、立克次氏体）
下面是真核微生物：
原生生物包括草履虫、变形虫、疟原虫等。
真菌包括酵母菌、霉菌（青霉）、大型真菌（蘑菇）等。
