东北虎和华南虎在全基因组水平具有显著差异。
从二者的遗传结构分析结果发现，东北虎与华南虎差异显著，这与进化树和PCA分析的结果一致。利用PSMC分析他们具有共同的祖先。
二者之间共有79个相同的染色体区域。发现东北虎和华南虎中的基因具有相似的功能富集和通路分析，二者的基因主要富集在9大类生物功能中，其中参与能量代谢的基因有22个，参与肌肉收缩功能的基因共有9个，与肉食性取食相关的基因有20个。有38个基因参与到多条疾病相关通路中，这些基因可能与虎的易患疾病及寄生虫感染相关。突变可能是造成东北虎的体型较华南虎差异明显的原因。
