1、主体不同，立案的主体是人民检察院的侦监科，公诉的主体是是由人民检察院公诉科
2、在案件中所处的阶段不同。批捕是侦查机关在立案侦查后，对案件的基本事实有了一定的了解，认为犯罪嫌疑人符合逮捕的条件与有逮捕的必要的，就会把案件移送到检察院侦监科申请逮捕犯罪嫌疑人，经检察院侦监科审查批捕后再移送回侦查机关继续侦查审查起诉是侦查机关对案件侦查终结后移送到检察院公诉科请公诉科提起公诉，检察院公诉科就对这些案卷进行审查。
公诉的审查工作通常由法院的立案庭进行。人民法院接到原告的起诉后，应及时依法进行审查。审查应当从两个方面进行，首先，审查原告的起诉是否符合法律规定的积极条件和消极条件，对于符合条件的应当予以受理，否则不应受理。其次，要审查原告起诉的手续是否完备，包括起诉状是否具备法定内容、原告是否按被告的人数提交了起诉状副本。对于起诉状的内容有欠缺、起诉的手续不完备的，人民法院应限期当事人补正。
