六扇门最早出现在初唐朝时期，当时唐代建立了六部的制度，但是社会上还有很多不安定的因素，在刑部就建立了“六扇门”主要是用于暗中调查隋朝的留存势力并且秘密抓捕，但是随着社会的稳定，该组织也退出了历史的舞台。
到了宋朝时期也有过六扇门，主要职能和唐朝时期差不多，但是不同的是，宋朝时期六扇门属于宋朝皇帝直属，并不属于刑部，作用是为皇上调查和抓捕一些不能上台面的事和人。
明朝又将官府衙门称作六扇门。因为古代的衙门，气派又森严，与今日简易装修的公安办公室可不同，那时的衙门都有六扇大门组成。民间传说的六扇门是指捕快之中一个特殊的旁支。这个六扇门通常只接手江湖帮派斗争和久为官府通缉的要犯，同时与各大门派有相当的交情，在朝廷和江湖中都有着举足轻重的权力，江湖中有身份的人犯案只要不上动天庭，都可以不了了之。
六扇门其实就是捕快，只不过他们专门负责要犯，像一些通缉犯和江湖帮派的厉害人物。而且六扇门在朝堂上和江湖中的地位都很不错，因此属于比较厉害的部门，在历史上也有这样的机构的。
