过滤系统的大致组成部分主要分为物理过滤、化学过滤和生物过滤。
一、物理过滤
物理过滤的的滤材主要是过滤棉，市面上的过滤棉大致分为粗棉，魔毯，细棉等。工作原理就是利用滤棉中的纤维把水中的杂质、鱼的粪便和食物的残渣阻隔下来，留在棉上，然后定期更换过滤棉即可。物理过滤是过滤系统中必不可少的一步，过滤棉需要定期的更换，也可以清洗。用完就扔了换新的，也省时省力。能有效减少鱼缸中有机物的含量，保证水缸中水质的清洁。
二、生物过滤
生物过滤的滤材大多是以硝化细菌附着为主，一般常见的有陶瓷环、生化球和细菌屋等。主要作用是利用过滤滤材的孔隙给硝化细菌附着，提供一个居住的地方，更快培养硝化细菌，从而使硝化细菌更好地将水中有害的氨氮（鱼儿的粪便和饲料的残留）和亚硝酸盐转换为无害的硝酸盐，使得水质清洁，这是水族鱼缸保持水质良好、重中之重且必不可少的一环。
三、化学过滤
化学过滤最常用的是活性炭过滤，它是在过滤的作用中吸附水中的化学污染和重金属的过程，活性炭一旦吸收饱和，过滤功能也就没了，需要更换。化学过滤在整个系统中不是必须有的，大多数在水质偏黄、水体出现异味或是鱼缸下药的时候才会选择使用。
