重庆东站枢纽将引入4条轨道交通线路，即轨道交通6号线、8号线、24号线和27号线。
6号线重庆东站延伸段重庆东站—茶园站(不含)段，起于国铁枢纽重庆东站，止于已运营段起点茶园站预留段
轨道交通8号线起于重庆东站，止于两江新区干坝子站，主要沿丁香路-通江大道-峡江路-郭鱼路敷设。
24号线全线采用地下线，共设站11座，分别是鹿角北站、况家塘站、竹园村站、重庆东站、地龙湾站、瓦子坝站、茶涪路站、商贸城站、迎龙站、商贸城北站、广阳湾站，上述站点均为地下站。其中，重庆东站将分别与6号线重庆东站延伸段、8号线、27号线形成换乘。
27号线西起璧山六旗大道，向东穿缙云山后，沿大学城南路、西永大道敷设，向东穿越中梁山，至渝碚路、沙坪坝，向东南至科园一街，经大坪医学院路，至菜园坝火车站，尔后折南下穿长江至南滨路、宏声路至江南大道，沿江南大道再折东穿铜锣山，经天韵路向东至重庆东站。
