首先需要告诉您的是，爷孙之间需要鉴定关系，这种鉴定属于亲属鉴定，而非亲子鉴定，这两个区别还是蛮大的。亲子鉴定的其次只有父子或者母子之间鉴定，才叫亲子鉴定的。这个属于亲缘鉴定！就是同一家族男性之间的鉴定！
1、匹配度不同父亲的匹配度高于爷爷的匹配度，因为爷孙隔了一代，不可能高于父亲的匹配度2、遗传基因不同祖孙的遗传基因大都是相同的，但还是有小部分不同，来自于母亲3、鉴定关系不同1．常规的亲生血缘关系鉴定：这是目前需求量最大的一类亲权关系鉴定，包括父母子三方(又称为三联体)、父子(或母子)双方(又称为二联体)的亲权鉴定。这类鉴定的准确率可以达到99.999999%。
2．隔代亲缘关系鉴定：这类鉴定指要确认曾祖父母、祖父母、与曾孙子(曾孙女)、孙子(孙女)之间的亲缘关系。还包括单纯的父系亲缘关系鉴定如要确认曾祖父、祖父、与曾孙子、孙子之间的亲缘关系，以及单纯的母系亲缘关系鉴定如要确认曾祖母，外祖母，与外孙女，曾外孙女之间的亲缘关系。
爷孙可以做亲子鉴定。爷孙亲子鉴定属于隔代亲缘关系鉴定，这类鉴定指要确认曾祖父母、祖父母、与曾孙子(曾孙女)、孙子(孙女)之间的亲缘关系。 还包括单纯的父系亲缘关系鉴定如要确认曾祖父、祖父、与曾孙子、孙子之间的亲缘关系。
爷爷和孙子只能鉴定有没有血缘关系，无法确定孩子和父亲是不是亲子关系，如果确定爷爷和孙子是血缘关系就可以证明孩子是这个父系家族某个人的，无法确定孩子是父。
